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関連サイト
研究室メンバー向け情報
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東京工業大学 スパコン TSUBAME3.0
「利用の手引き」から、Gaussian(量子化学計算)、GaussView、Schrodinger Small-Molecule Drug Discovery Suite(ドッキングなど)などのアプリのマニュアルが閲覧可能です。
windowsPCでTSUBAMEに接続する際は、Tera Termをインストールして接続してください。設定方法はラボマニュアル参照。
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pymol
分子構造の描画アプリ。
こちらからダウンロード、インストールできます。
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avogadro
分子力学計算アプリ。MMレベルの構造最適化を行いながら簡単に3D構造を作成できます。
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autodock tools
vinaを用いたドッキングを行うための、inputファイル作成支援アプリ(GUI)です。
リンク先のmgltoolsをダウンロードして、インストール。その中に、autodock
toolsが含まれています。
インストール環境に制限があるので注意。
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autodock vina
ドッキングソフトウエア。
こちらのwebで使い方の動画を視聴できます。
